Природните ресурси на Земята са изтощени от човечеството, а между войниците на четирите водещи Корпорации: Капитол, Баухаус, Мишима и Империал, кипят яростни битки.

Мич Хънтър (Томас Джейн) и Нейтън Руукър, закалени в битки войници на Капитол, водят отчаяна битка срещу настъплението на Баухаус. Проблемите им обаче се увеличават неколкократно, когато блуждаещ снаряд поразява древен каменен печат, в резултат на което се появява нов враг - страховити НекроМутанти въоръжени с изградени от кост остриета, явяващи се продължение на ръцете им. Мич успява да се измъкне на косъм, но Нейтън няма такъв късмет.

Мутантите се множат светкавично. Наброяват няколко милиона и буквално прегазват всичко изпречило се на пътя им. Водачът на Корпорацията (Джон Малкович) се кани да напусне планетата и да остави безброй невинни да посрещнат далеч не приятна съдба, когато се среща с Брат Самюъл (Рон Пърлман) - водач на Братството и на древен монашески орден.

Самюъл е пазител на Хрониките - книга, която предсказва възхода на Мутантие, както и появата на "Освободителя", който ще ги унищожи. Самюъл вярва, че самия той е Освободителят - човекът предопределен да предприеме пътешествие до земните дълбини и да разруши източника на мутантската напаст.

Той успява да вербува Мич, както и шепа войници споделящи виждането му: Стайнър, движен от честта офицер от Бахаус; Севериан - майстор на мечовете; Ел Исус - уличен боец; безстрашната красавица Дювал (Дувал) и воинът-стоик Джуба (Юба).

Хрониките "Мутант" проследяват мисията на Мич и Самюъл - пътешествието им до самият център на мрака и опита им да спасят планетата от мародерстващите орди от недостъпни за смъртта, немъртви мутанти..